mini|Barthélemy Lauvergnes litografi av Magnuskatedralen i Kirkjubøur fra 1839.
Færøysk kirkehistorie begynner omkring år 625, da munker fra Irland flyttet til Færøyene, hvor de levde eremittliv og tilbragte tiden med å drive fåreavl og dyrking av blant annet havre. Sannsynligvis flyttet munkene videre til Island omkring år 800, i tiden rundt vikingenes ankomst.
Det var færøyingen Sigmundur Brestisson som på kongebud fra Olav Tryggvason forkynte den kristne læren på Tinganes rundt år 1000. Sagaen skildrer hvordan Sigmundur Brestisson påbegynte en omvendelse av færøyingene fra deres norrøne religion.
Ólavskirkjan i Kirkjubøur, viet til Olav den hellige, er Færøyenes eldste bevarte kirkebygning. Bispesetet i Kirkjubøur ble opprettet i 1111. Det var underlagt Nidaros erkebispedømme frem til reformasjonen i 1537. Kirken på Færøyene ble del av den lutherske, dansk-norske statskirken, først som eget bispedømme, senere som prosti underlagt vekslende bispedømmer.
Luthersk ortodoksi fikk sterkt fotfeste på Færøyene. Statskirken hadde en monolittisk stilling i samfunnet frem til slutten av 1800-tallet, da vekkelses- og lekmannskristendom begynte å få innpass. I 1990 ble Færøyene eget bispedømme igjen, og i 2007 ble det en selvstendig kirke under navnet Fólkakirkjan. 8 av 10 færøyinger er medlemmer av Fólkakirkjan.
Tidlig historie thumb|Tróndur í Gøtu løfter Mjølner i motstand mot Sigmundur Brestissons kristning av Færøyene thumb|Kysten ved Sandvík på Suðuroy
Tidlig maktkamp Mannen som har fått æren av å ha kristnet Færøyene var formet av dramatiske hendelser. Sigmundur Brestisson var sønn av Brestir Sigmundsson, som sammen med broren Beinir Sigmundsson hadde blitt drept av den rivaliserende vikinghøvdingen Tróndur í Gøtu på Stóra Dímun i 970. Sigmundur og fetteren Tóri ble oppfostret hos Tróndur, men Tróndur sendte dem senere til Norge med håp om at de ikke skulle vende tilbake.
I Norge ble de to fetterne kjent med kristendommen, og ble hirdmenn hos Håkon jarl. I 988 vendte de tilbake til Færøyene med to skip og 120 mann for å hevne drapet på deres fedre. Øssur Havgrímsson ble drept, og de sluttet fred med de andre i striden. De ble enige om at Håkon jarl skulle dømme i den gamle familiekonflikten. På Lagtinget på Tinganes ble Tróndur í Gøtu tvunget til å akseptere Sigmundurs og Håkons Jarls nyordning. Sigmundur og Tóri returnerte til Norge.
Gjenkristningen I 999 ble Sigmundur atter sendt til Færøyene, denne gang av Olav Tryggvason, som gav Sigmundur og noen prester i oppdrag å omvende færøyingene. De skulle døpes og bli opplært i å være gode kristne. Sigmundur og tretti menn angrep Tróndur, og tvang ham med våpenmakt til å gå over til kristendommen. For å gjennomføre en kollektiv omvendelse møttes Tróndur og de øvrige færøyingene på Lagtinget, hvor de imidlertid avviste den nye lære om Hvíta Krist, ettersom de så på kristendommen som Sigmundurs unnskyldning for å ta makten over øyene, og Sigmundur ble nesten drept av den rasende forsamlingen.
thumb|left|Sigmundarsteinur (t.v.)
Sigmundur valgte da en annen metode i sitt misjonsarbeid. I nattens mulm og mørke seilte han med sitt mannskap til Gøta og inn på Tróndurs gård, hvor han hev Tróndur ut av sengen og gav ham valget mellom å bekjenne seg til den kristne tro eller å bli halshugget. Tróndur var pragmatisk og valgte det første. Sigmundur omvendte færøyingene, mer eller mindre én etter én.
Sigmundurs død Ifølge Færøyingesaga, som er hovedkilde til det man vet om Sigmundurs kristning, sverget Tróndur hevn i 1005. Han samlet sine menn til en nattlig aksjon som gikk ut på å angripe Sigmundur på Skúvoy, hvor han overnattet i en halvferdig kirke. Sigmundur var uforberedt, og han sprang i havet sammen med Tóri Beinirsson og drengen Einar fra Suðuroy. Denne svømmeturen har siden blitt legendarisk, og er blitt gjengitt i kvadet Sigmundarkvæði yngra. Tóri og Einar druknet underveis, mens Sigmundur lyktes å nå Sandvík på Suðuroy. Da han kom i land ble han drept av bonden Torgrímur Illi grunnet sine verdifulle smykker. Torgrímur var forøvrig en av Tróndurs menn.
Sigmundur Brestissons gravstein, Sigmundarsteinur, kan sees på kirkegården i Skúvoy. Steinen har et innhugget kors, men ingen runer.
Eget bispedømme
Det er noe forvirring rundt hvem som var den første biskopen for øyene, ettersom Adam av Bremen skrev at den selverklærte biskopen av Helgoland ble referert til på latin som biskopen av «Farria»; Færøyene heter «Insulae Faeroae» på latin. Det er i det minste slått fast at Bernhard Sakseren var misjonerende biskop fra 1047 til 1067, hvilket også Ryngerus var i slutten av det 11. århundre. Senere skal Gudmund vært biskop fra rundt 1100 til 1137.
thumb|Statue av Erlendur på Nidarosdomens vestfront thumb|left|Magnuskatedralen thumb|left|Ólavskirkjan
Biskopene av Færøyene ble vanligvis valgt av bispesetet i Bergen, og var opprinnelig underlagt Hamburg-Bremen erkebispedømme. Færøyene ble underlagt Lund erkebispedømme i 1104, senere Nidaros erkebispedømme i 1152. Færøyenes biskop hadde sete i Kirkjubøur på Streymoys vestkyst, sentralt i øyriket, fra 1111. Det sies at biskop Orm, som etterfulgte Gudmund og var den første med sete i Kirkjubøur, ble gitt stedet fra en av datidens mektigste kvinner, Gæsa Sigursdottir, som straff for at hun hadde spist kjøtt under fasten. Gæsa skal deretter ha flyttet til Vágar og grunnlagt Gásadalur.
Det har senere blitt hevdet at enkelte fra det færøyske presteskapet tidvis krevde jus primae noctis, altså en landeiers rett til den første natten med en av sine nygifte underståtters brud.
Bispesetets kirke (domkirke) ble steinkirken Ólavskirkjan, oppkalt etter Olav den hellige, som ble bygd på 1200-tallet. Sammen med bispesetet etablerte man etterhvert også en presteskole, som frem til reformasjonen var Færøyenes eneste skole. Blant kjente elever er den senere norske kongen Sverre Sigurdsson, som ble født i Kirkjubøur. Fra 1184 ble han undervist ved presteskolen av den daværende biskopen, Roe. Sverre krevde senere den norske tronen, men møtte motstand fra kirken, også den færøyske som han hadde bakgrunn fra, da kirken var sterkt imot krav på tronen fra monarkens uekte barn.
Biskop Erlendur Norskfødte Erlend fra Bergen, av færøyingene kalt Biskopur Erlendur (senere kjent som Erlendur av Færøyene), var biskop fra 1269 til sin død i 1308. Han igangsatte byggingen av Magnuskatedralen i Kirkjubøur, og var sannsynligvis den som skrev Færøyenes eldste bevarte dokument, Fårebrevet (Seyðabrævið) i 1298. Magnuskatedralen er fortsatt det fremste symbolet på katolisismens tid på Færøyene, selv om den aldri ble ferdig. Arkitekturen viser at den var ment bygd i gotisk stil.
Under Erlendurs tid som biskop ble kirkens eiendommer betraktelig utvidet, og skattene økt, noe som skapte misnøye blant færøyingene. Skatteøkningen skyldtes trolig behovet for å finansiere byggingen av Magnuskatedralen. Det sies at en gruppe rasende færøyinger tok livet av Erlendur utenfor Ólavskirkjan. Et brev sendt til hans kolleger i Bergen, Skálholt (Sør-Island) og Garðar (Grønland) tyder på at han var i live den 22. juni, og han døde trolig i fjellene i nærheten av Kirkjubøur samme år. Hans Jacob Debes hevdet at Erlendur dro tilbake til Norge og døde i Bergen den 13. juni. Uansett er Erlendur gravlagt i Kirkjubøur. Liket hans ble undersøkt av daværende biskop Jon I den tyske i 1420, med konklusjon om at han var å regne som helgen. Erlendur er til tross for sin bakgrunn sjelden regnet som en av de norske helgenene, om han er regnet med i det hele tatt, men heller som den eneste færøyske.
Reformasjonen thumb|Martin Luther, den tyske teologen som stod bak reformasjonen av Den katolske kirke på 1500-tallet
Den siste katolske biskopen på Færøyene ble Ámundur Ólavsson, som først ble godkjent av paven, og deretter av Frederik I av Danmark og Norge i 1532. Det at kongen ble satt som siste instans i en slik utnevnelse viser at pavens innflytelse var betydelig svekket på denne tiden i Nord-Europa. Den 1. januar 1533 ble Ámundur valgt til biskop på livstid etter et opprop blant færøyingene. I løpet av sin tid som biskop klaget han til Eske Bille over framferden til kjøpmenn fra Hamburg, hvorav tre brev er bevart i Danmarks nasjonalarkiv i København. Også gjennom Ólavssons tid som biskop videreførte man ordningen med den særskilte kirkeskatten, på færøysk kalt pæturspeningur («peterspenger»), som gikk til byggingen av Peterskirken i Roma, dette i tillegg til den ordinære tiendeskatten. Tiendeskatten var fra gammelt av firedelt, slik at en fjerdedel gikk til henholdsvis kirken, biskopen, presten og de fattige. Tiende ble på Færøyene trukket fra fisk, korn, smør, hval, sel, sjøfugl og ull.
Det er knyttet noe tvil rundt når reformasjonen faktisk kom til Færøyene; Louis Zachariasen anslo året 1535, mens Jakob Jakobsen satte året til 1540 da den også nådde Man. Zachariasens anslag ser ut til å være feil da biskopen fortsatt satt i embetet sommeren 1536, da en av hans medhjelpere dro til Olav Engelbrektsson. Det anses som lite sannsynlig at reformasjonen kom fortere til Færøyene enn til Danmark og Norge, eller at biskopen satt så lenge som til 1540, etter Olav Engelbrektssons rømning i 1537. C.V.C. Young estimerte ut fra denne informasjonen at reformasjonen kom til Færøyene i 1538. Da reformasjonen var gjennomført ble alt av kirkens landeiendommer som da omfattet rundt halve øyriket, konfiskert. To tredjedeler av dette tilfalt kong Christian III.
Den lutherske kirke Etter reformasjonen ble kirken på Færøyene del av den lutherske dansk-norske statskirken, med kongen i København som øverste overhode. Fra 1539 til 1557 var det et evangelisk-luthersk bispedømme på Færøyene, men etter 1557 var den lutherske kirken på Færøyene organisert som et prosti under forskjellige bispedømmer. Det var underlagt biskopen i Bergen fra 1557 til 1709, så Sjælland stift frem til 1720, Island stift fra 1720 til 1775 og så Sjælland stift igjen (etter 1922 videreført som Københavns stift), til Færøyene igjen ble eget bispedømme i 1990. Forut for dette hadde prosten i Tórshavn i 1963 fått status som «stedfortredende biskop». Den 29. juli 2007 ble den lutherske kirken på Færøyene en egen kirke uavhengig av Den danske kirke under navnet Fólkakirkjan, men er fortsatt en statskirke, nå underlagt Færøyenes regjering.
Den lutherske ortodoksi, særlig preget av Jesper Rasmussen Brochmand, fikk godt feste på Færøyene og forble den dominerende retning lengre der enn i Danmark-Norge forøvrig. Brochmanns andaktsbok fra rundt 1650 ble svært viktig for åndslivet på Færøyene, likeså Kingos salmer fra 1699. Kingos betydning vises blant annet gjennom at den særegne færøyske musikktradisjonen kjent som «Kingosynging» har holdt seg levende helt til vår tid.
Med dansk som kirkespråk og prester utdannet i Danmark ble kirken en konservativ stemme i debatten om færøysk versus dansk språk som vokste fram på 1800-tallet (se nedenfor Bibeloversettelser). Færøysk ble likevel likestilt med dansk som salme- og prekenspråk i 1924–1925, og i 1930 fikk kirkelige ritualer som dåp, bryllup og begravelser også færøysk ordlyd.
Elsa Harding ble, som første kvinne, ordinert til prestetjeneste på Færøyene i 1977.
Katolisismen tilbake Etter at religionsfrihet ble innført med den danske grunnloven av 1849, ble det gjort et forsøk på å gjenintrodusere katolisismen på Færøyene. I 1857 dro den bayerske presten Georg Bauer til øyene. Han bygde en kirke på Rættará i Tórshavn, men fikk liten tilslutning. Da han forlot øyene i 1880, hadde han ingen etterfølger, og kirken forfalt. I 1900 var det kun én eneste gjenværende katolikk på Færøyene, en kvinne som bodde på Hvítanes. Hun hadde et privat kapell hvor en prest fra København kom og holdt messe for henne én gang i året. den katolske kirken ble gjenopplivet i 1931, da som del av
Fransiskanerne mini|Mariukirkjan i Tórshavn. mini|Interiør i Mariukirkjan.